根据国务院关于同意在北京设立国家植物园的批复，国家植物园由国家林草局、住房城乡建设部、中科院、北京市人民政府合作共建。

　　批复要求，国家植物园建设要坚持人与自然和谐共生，尊重自然、保护第一、惠益分享；坚持以植物迁地保护为重点，体现国家代表性和社会公益性；坚持对植物类群系统收集、完整保存、高水平研究、可持续利用，统筹发挥多种功能作用；坚持将植物知识和园林文化融合展示，讲好中国植物故事，彰显中华文化和生物多样性魅力，强化自主创新，接轨国际标准，建设成中国特色、世界一流、万物和谐的国家植物园。

　　批复指出，中科院和北京市人民政府共同成立理事会，形成共商、共建、共管、共享的管理模式，依托中科院植物研究所和北京市植物园现有相关资源，构建南、北两个园区统一规划、统一建设、统一挂牌、统一标准，可持续发展的新格局。国家林草局、住房城乡建设部、中科院要进一步统筹规划、合理布局，稳步推进全国国家植物园体系建设。