新疆区域文化是中原文化与西域文化长期交融的结果，是中华文化不可分割的重要组成部分。
新疆位于亚欧腹地，处于丝绸之路的中心要道，历史上一直是东西方经济、文化往来交流的重要枢纽，由此成为多种宗教文化汇集之地，保持着多种宗教文化交融共存的格局。
外来宗教文化传入新疆之前，新疆存在并普遍流行原始宗教文化和萨满教文化。最早融入新疆的外来宗教文化是祆教文化，以后又相继传入佛教文化、摩尼教文化、道教文化、景教文化、藏传佛教文化、伊斯兰教文化，以及天主教文化、基督新教文化和东正教文化。
远古先民：万物有灵
历史已经证明，在新疆这个多文化多宗教并存的地区，各民族文化在中华文化怀抱中孕育发展，伊斯兰教并不是新疆各民族天生信仰且唯一信仰的宗教，一教或多教为主、多教并存才是新疆宗教格局的历史特点，交融共有才是新疆宗教关系的主流。
在远古时期，新疆古代居民相信万物有灵，动植物崇拜、日月星辰崇拜、图腾崇拜、生殖崇拜、祖先崇拜等盛行。古代的匈奴、突厥、黠戛斯等游牧人群普遍崇拜动物，其中对狼尤为崇敬，并以狼为图腾。回鹘的图腾则有狮子、狼、骆驼等动物。塔什库尔干人以太阳为图腾崇拜对象，自称“汉日天种”。
古代于阗人盛行崇拜老鼠，人们在行经老鼠洞时，还要下马到洞前礼拜致敬。据《北史》记载，于阗王“练锦帽，金鼠冠，妻戴金花。其王发不令人见，俗言若见王发，其年必俭云”。于阗王头戴金鼠冠，这显然是以前鼠崇拜的影响，在于阗普遍信仰佛教之后仍然存在。和田著名的丹丹乌里克遗址在20世纪初就出土了一块鼠头神像的木画板，这便是古代于阗人老鼠崇拜习俗的有力证据。
萨满教、祆教遗俗仍然存在
萨满教是原始宗教的一种较高形态。史料显示，在新疆活动的多个古代部族，诸如匈奴、柔然、突厥、回鹘、蒙古等，都曾以萨满教为部族宗教。
直到公元17世纪前，西蒙古四部、满等部族或民族仍然普遍性信奉萨满教，部分锡伯、达斡尔、柯尔克孜等民族甚至近代还较完整地保留着萨满教文化传统。
维吾尔族重要史诗《乌古斯可汗的传说》中，有很多关于萨满教活动盛况的描述。按照萨满教仪式的要求，每当乌古斯可汗召开部落会议时，一定要立木杆于大帐两侧，并挂金鸡、银鸡于杆顶，栓黑羊、白羊于杆下。这种远古的仪式规范发展到后来，就变成了悬挂羊头、牛尾、布条等祭物。时至今日，当维吾尔族穆斯林进行麻扎朝拜时，依然会集体跳萨满舞，麻扎的周围仍然围着一圈挂了羊头、羊皮、布条的木杆。在信仰伊斯兰教的新疆其他民族中，也都程度不同地保留了萨满教遗俗，其中尤以哈萨克族为典型。
祆教在新疆现在已经消失，但其在漫长的历史过程中早已融入相关民族的文化之中。诺鲁孜节作为祆教的一种宗教节日，现在仍是曾信仰过祆教的维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克等民族的重要传统节日，其宗教意义已被消解而成为一种节庆。在这些民族中，祆教敬火拜火的信仰观念，也被大量保留而成为民族文化的一部分。
新疆宗教除了原始宗教之外，其余宗教主要经由中亚、西亚、南亚等地传入。外来宗教进入新疆后，与中华文化相融合，形成了独特的新疆地域文化，宗教文化具有明显的民族和地域特色。
佛教文化的兴盛
从公元前2世纪开始，佛教经由葱岭和喀喇昆仑山山口等通道开始影响西域，至迟在公元前1世纪就已经传播到与葱岭南、葱岭西一山之隔的新疆塔里木盆地。由于佛教的教义和佛教文化的鲜明特色，佛教传入后受到上至王公贵族、下至底层劳动人民的普遍欢迎，因而在各地得以迅速传播，并逐渐取代萨满教、祆教，成为各地的主要宗教。当时的新疆形成了以佛教文化为主、多种宗教文化共存的格局。
佛教在新疆兴盛发展，形成了于阗、疏勒、龟兹、鄯善、高昌等几个著名的佛教文化中心。由于地域差异，各地佛教文化也呈现出多样性。
新疆佛教到了魏晋南北朝时期进入鼎盛期。佛教文化在建筑、雕塑、舞蹈、戏剧、音乐、文学等诸方面已经达到相当高的水平。这个时期的新疆，绿洲上出现了佛寺林立、僧侣成群的宏大场景。佛教洞窟、寺庙的大量修筑，足以说明当时佛教文化被广泛接受的历史事实。
西行求法的晋代高僧法显记录了于阗“家家门前皆起小塔，最小者可高二丈许”的盛况，还说这里的寺院“不可数计”。据历史文献记载，佛教文化鼎盛时期的和田地区，建造的寺院多达4000余所，其中法显所居住的那一座寺庙可容三千僧人，规模蔚为壮观。另一座规模更大的王新寺是三代于阗王历时80年才建成的，大殿寺顶高达25丈，寺内金碧辉煌，气势雄浑。
除于阗外，另一个佛教文化中心是龟兹，其城内寺庙也逾千座。具有地域特色的佛教文化形式还有佛窟寺洞。当地现存的佛窟寺洞约600个，依稀可见壁画内容的洞窟超过200个。
这一时期，佛教文化在西域地区盛况空前，仅和田地区的僧侣就多达数万人，是那时当地总人口的1/3。其他地区僧侣人数也有数千人，即使是僧侣人数最少的叶城地区，也有1000余人。如此众多的僧侣，使大规模的佛事活动变成平常之事。比如史料中显示，于阗曾经常举行持续时间达14天、名为“行像”的大型佛教活动，活动开始时，“城里便扫洒道路，庄严巷陌”，于阗城内的14座大寺必须轮流主持方能完成。
佛教在古代新疆与新疆各民族文化相融合，形成了极具特色的“西域佛教”，突出表现在经典的翻译和佛教仪轨的改造以及佛教雕塑、绘画、舞蹈等方面。西域佛教在传播过程中呈现出不同的传统，如于阗佛教文化、疏勒佛教文化、鄯善佛教文化、龟兹佛教文化、高昌佛教文化和高昌回鹘佛教文化等。
继佛教传入之后，道教、景教与摩尼教又相继传入新疆，新疆的多元宗教格局得以进一步发展。
伊斯兰教的传入与发展
大约公元9世纪末至10世纪初，喀喇汗王朝萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教以及阿图什大清真寺的建立，是伊斯兰教传入新疆的两个重要标志。伊斯兰文化开始传入中华文明体系，对新疆一些民族产生影响。
萨图克·布格拉汗强力推行伊斯兰教，并于公元960年定伊斯兰教为喀喇汗王朝的“国教”。萨图克·布格拉汗父子的行为遭到其他宗教的抵制，各地动荡不安。佛教文化与伊斯兰文化在于阗、龟兹等地展开角逐。
公元10世纪开始，伊斯兰教在新疆塔里木盆地南缘迅速扩张，塔里木盆地原有的佛教文化逐步走向衰落。与此同时，以吐鲁番盆地为中心的高昌回鹘王国佛教文化开始兴盛。至16世纪初，伊斯兰教以宗教战争和统治阶级强制推行的方式，将佛教最终排挤出东疆的吐鲁番、哈密等地。
到明末清初，新疆的维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克等民族基本上群众性信仰伊斯兰教，伊斯兰教广泛传播到整个塔里木盆地和北疆、东疆部分地区，在喀什噶尔、叶尔羌、于阗、库车、吐鲁番、哈密等地兴建清真寺和教经堂，伊斯兰文化成为中华文化之下的一种区域文化现象。
但是，这仍然没有改变新疆宗教文化多元交融共存格局，“一元主导，多元交融，和而不同”依旧是新疆宗教文化的基本特点。
喀喇汗王朝作为割据新疆地区的地方政权，在文化上呈现出多样化的特点，始终没有脱离中原文化。
喀喇汗王朝并没有完全消解佛教文化、景教文化、祆教文化、摩尼教文化和萨满教文化的影响。喀喇汗王朝的一个重要文化特征是世俗性和开放性。这一点已被《福乐智慧》《突厥语大词典》《真理的入门》以及其他许多文学作品所证实。伊斯兰教在喀喇汗王朝的传播过程中，实现了阿拉伯文化、波斯文化与中华文化之间的交往和交流，附带的是数学、医学、天文学、地理学得到广泛传播。在文化娱乐方面，麦西莱甫已经流行，此外还有一种叫做苏胡岱希的系列娱乐活动也很盛行，这些娱乐文化是多种宗教文化和世俗文化交流交融的结晶。
伊斯兰文化在新疆形成了自身的特点。尤其是伊斯兰教中的苏非派，在传播过程中糅合南疆地区“万物有灵”观念、祖先崇拜、动植物崇拜、祆教的拜火习俗、萨满教的部分习俗以及麻扎朝拜等宗教文化形式，形成具有地域特色的伊斯兰文化。
各种宗教在新疆的多元并存，使得伊斯兰文化同样也受到其他宗教文化的影响。南疆地区一些清真寺的壁画、雕刻有非常明显的西域佛教文化艺术的遗风。莎车县加满清真寺，梁坊上有佛教文化中的莲花、祥云和金色光环等图案。宗教建筑风格也有本地文化特色，如著名的库车额什丁和卓麻扎的陵墓就是一座平顶式、有廓檐和窗格的古建筑，而不是阿拉伯式的“方基圆顶”。苏非派中的阿希克（“乞食者”）披头散发、不修边幅，以乞食为生，不娶妻生子，不成家立业。显而易见，这与从前当地佛教的游方僧有密切的渊源关系。而活跃在维吾尔、哈萨克等民族民间的“巴合西”“达汗”等祭司则可以追溯到历史上的萨满巫师。
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